Действие фильма \"Идти тихо, идти глубоко\" разворачивается в период Второй мировой войны на Гавайских островах. Все начинается с нападения японцев на Перл Харбор и последующего уничтожения американского флота. Капитан Ричардсон, чудом спасшийся после потопления своей подводной лодки, жаждет мести врагам. Ему предоставляется шанс возглавить новую субмарину \"Нерка\", так как только он знает все подводные глубины в этом районе. Однако на борту возникает напряженная обстановка из-за выбора капитана. Новый капитан проводит строгие тактические учения, не всем членам команды это нравится. Но эти учения станут ключом к победе в подводной войне и приведут экипаж к заветной победе над врагом.