Когда-то человечество было на грани катастрофы из-за Доктора Хелла и его зловещих планов. Но благодаря усилиям Кодзи Кабуто и его верного Мадзингера Зэда, человечество спаслось. Однако спокойствие не длилось долго. Спустя десятилетие, Кодзи, следуя примеру своих предков, становится ученым. В процессе своих исследований он сталкивается с загадочной формой жизни, спрятанной глубоко под горой Фудзи. Эта встреча открывает новые угрозы и вызовы для человечества, и снова на Мадзингера Зэда возлагаются надежды на спасение мира.