Агент ЦРУ Итан Хант понял, что оказался под подозрением в предательстве «крота», который привел к гибели нескольких членов его команды, включая Джима Фелпса. Итан был в трудном положении, но ему помогла его коллега Клэр, жена Фелпса. Чтобы очистить свое имя и продолжить свою миссию, Ханту предстояло найти истинного «крота».