Дух в стальной плоти

Освободившись от своих служебных обязательств в 501-м подразделении, Мотоко Кусанаги оказывается перед необходимостью научиться подчиняться указаниям Арамаки. В то время как кто-то взламывает защитные системы государственной безопасности, Бато решает обратиться за поддержкой к своему бывшему коллеге, офицеру военной разведки Исикаве, а также к опытному специалисту в области воздушной артиллерии Борме. Кусанаги, в свою очередь, также пытается заручиться поддержкой снайпера Сайто и тайного агента полиции Паза для своего нового отряда в 9-м отделе госбезопасности. На фоне этих событий между двумя командами начинает развиваться соперничество.